Majelis Wali Amanat (MWA) adalah badan tertinggi di universitas yang mewakili kepentingan pemerintah, kepentingan masyarakat dan kepentingan universitas itu sendiri. Keanggotaan MWA terdiri beberapa elemen, yaitu: Menteri (Bidang Pendidikan), Senat Akademik Universitas, Rektor, Masyarakat, Karyawan dan Mahasiswa yang kesemuanya diangkat/diberhentikan oleh Menteri untuk masa jabatan 5 tahun. Untuk mahasiswa, masa jabatan hanya terbatas setahun?digantikan oleh wakil dari mahasiswa yang lain yang lebih junior? mengingat tugas utama mereka yang harus menyelesaikan kegiatan perkuliahan. 

Tugas utama MWA adalah menetapkan kebijakan umum universitas, mengangkat/memberhentikan pimpinan universitas, melaksanakan fungsi pengawasan dan pengendalian umum atas pengelolaan universitas dan melakukan penilaian kinerja pimpinan universitas.
Berikut ini adalah susunan kepengurusan MWA periode 2012-2013:

Ketua : Prof. Dr. KH. Said Agil Siradj
Seketaris : Prof. Achir Yani S. Hamid, D.N.Sc
Anggota :
  • Prof. Mohammad Nuh
  • Prof. Dr. der Soz Gumilar Rusliwa Somantri
  • Prof. Sidharta Utama, Ph. D, CFA
  • Prof. Dr. Sumi Hudiyono PWS
  • Dra. Fatma Lestari, M. PSi, Ph. D
  • Prof. Heriandi Sutadi, drg., Ph. D, Sp. KGA (K)
  • Kurnia Toha, S.H., LLM, Ph. D
  • Prof. Dr. Agus Aris Munandar
  • Dr. Effy Zalfiana Rusfian, M.Si
  • Corina S. Riantoputra, M.Com, Ph.D
  • Prof. Dr. dr. Akmal Taher, Sp. BU
  • Dr. Ir. Asep Handaya Saputra
  • Drs. H. Muhammad Jusuf Kalla
  • Prof. Dr. Bagir Manan, SH, MCL
  • Jenderal TNI (Purn) Endriartono Sutarto
  • Prof. Alwi Abdurrahman Shihab, MA, Ph. D
  • Anugrah Pekerti
  • Ach. Mukhtarul Huda, SHI, SH, M.Si,
  • Jahidin